La historia de Naruto va aumentando en complejidad, adentrándose en situaciones más maduras al avanzar la trama. En la primera parte, Naruto, el argumento se limita a plantear un poco cómo es el mundo en que se desarrolla la acción, y los temas y las situaciones son simples.
Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer.
En la segunda temporada de la historia, denominada en el anime Naruto: Shippūden los personajes son tres años mayores y actúan acorde a esto. Las situaciones revelan una trama mucho más elaborada que no se había entrevisto en la primera parte.
Entre ambas partes han pasado tres años en los que cada uno de los personajes de la anterior etapa ha estado entrenando por el camino elegido: Naruto ha estado con Jiraiya el ermitaño, que le enseña a controlar el chakra de Kyūbi para usarlo a su favor, Sakura con Tsunade, Hokage de la aldea, estudiando medicina, y Sasuke con el renegado Orochimaru gracias al cual quiere ganar la fuerza suficiente para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás de su clan. A la vez entran en escena los miembros de la misteriosa Organización Akatsuki que desea capturar para fines revelados sólo muy avanzada la historia a todos los Bijū, monstruos muy poderosos, uno de los cuales es el que está encerrado en Naruto.
kakashi gaiden
En el manga la separación entre ambas partes es una saga de cinco capítulos llamada Kakashi Gaiden (un gaiden es una historia que sirve de trasfondo) que cuenta unos sucesos vividos por uno de los personajes en su juventud, y que no ha sido trasladada a la pantalla de momento. En el anime, dado que la historia avanzaba más deprisa que el manga (del orden de dos capítulos de manga por cada uno de anime), se lanzaron una serie de sagas de relleno para dar tiempo a que éste revelara una cierta cantidad de lo que estaba por pasar. Este relleno se prolongó durante un número de capítulos similar a los ocupados por la primera parte, del orden de 80. La continua prolongación de esta etapa, retrasando la llegada de la segunda parte del manga a la versión animada provocó que el anuncio de su fin fuera una noticia de importancia para los que seguían la historia dentro y fuera de Japón
La inmensa mayoría de los personajes que aparecen en esta serie son ninjas de las distintas aldeas y facciones que hay en la historia. Los protagonistas pertenecen a la Aldea Oculta de Konoha y la historia, si bien no gira en torno a ellos, se narra mayormente en base a sus aventuras. Estos personajes son:
Naruto Uzumaki(うずまきナルト,Uzumaki Naruto?): es el protagonista de la historia, un joven ninja que alberga en su interior al demonio Kyūbi y que desea llegar a Hokage de su aldea para demostrar a todos su poder y su valía. Sus compañeros de grupo, al inicio de la historia, son Sasuke, Sakura y su maestro Kakashi. Con el avance de la narración, este grupo cambia cuando Sasuke decide abandonar la aldea para llevar a cabo su venganza personal. Naruto se convierte luego en aprendiz de Jiraiya.
Sasuke Uchiha(うちはサスケ,Uchiha Sasuke?): es el último miembro del clan Uchiha, un chico serio y muy dotado para las artes ninja. Su objetivo es hacerse lo suficientemente fuerte como para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás de su clan. Acaba abandonando la aldea para entrenar con Orochimaru.
Sakura Haruno(春野サクラ,Haruno Sakura?): es la única chica del equipo. Inicialmente está enamorada de Sasuke y desprecia a Naruto. Al avanzar la historia ve que Sasuke no tiene ningún interés en ella y empieza a apreciar a Naruto. Se convierte en aprendiz de Tsunade y aprende técnicas de medicina ninja.
Kakashi Hatake(はたけカカシ,Hatake Kakashi?): el primer maestro del equipo de Naruto, Sasuke y Sakura, un ninja severo y amante de las novelas para adultos que se preocupa mucho por el trabajo en equipo. Posee un sharingan en su ojo izquierdo conseguido de un miembro del clan Uchiha que era amigo suyo y se lo dió en una situación desesperada. Con este ojo ha copiado muchas técnicas de otros ninjas, lo que le ha valido el apodo de Ninja copia.
Además de estos personajes principales, están los otros equipos de ninjas que compartieron clase con Naruto en la academia ninja y sus maestros. Destacan los grupos formados por Ino, Chōji, Shikamaru y su maestro Asuma, el de Hinata, Kiba, Shino y su maestra Kurenai, y el formado por Rock Lee, Tenten, Neji y su maestro Maito Gai (estos últimos son un año mayores).
Otros personajes importantes en la historia son los sannin, tres ninjas legendarios de la aldea, Tsunade, Jiraiya y Orochimaru, y más adelante, los miembros de la Organización Akatsuki, ninjas renegados de diversas procedencias que están capturando a los demonios Bijū por algún motivo que no se revela hasta que avanza la historia.
Ninjas
Los ninjas que se muestran en la historia de Naruto no son simples especialistas en inflitración y asesinato, como sus homólogos en el mundo real. Estos luchadores pueden usar una serie de técnicas secretas gracias a una energía interna denominada chakra, que les hace muy distintos a las figuras originales del Japón tradicional. Para usar estas técnicas, la mayoría de las veces se utilizan sellos, que se hacen poniendo las manos en ciertas posiciones. Estas técnicas se dividen en tres, las propiamente ninja, (ninjutsu), las puramente físicas (taijutsu) y las ilusorias (genjutsu). Existen algunas variedades especiales de las técnicas ninjutsu que se heredan de generación en generación de un clan, las técnicas de línea sucesoria, entre las que destacan en la historia las técnicas oculares (dōjutsu).
